五、創新基金的運行機制
　　創新基金的管理采取政府部門決策和監督、專家咨詢和指導、基金管理機構組織和實施的“三位一體”的管理模式，即科技部、財政部作為政府機構負責制定創新基金運作規則，決定創新基金的總體工作目標和《指南》，并對運作情況實施監督和指導，同時具有對創新基金項目的最終立項審批權；專家咨詢委員會作為創新基金咨詢機構，負責審議確定創新基金年度支持重點領域，并對創新基金的管理提供指導和咨詢意見；創新基金管理中心作為創新基金的辦事機構，負責創新基金的日常管理與創新基金項目的組織實施工作，從而實現了政府決策與專家咨詢緊密結合、決策監督與管理實施相對分離，各盡其責、互相制約、互相監督的管理特點和運行機制。
　　六、創新基金的立項審查機制
　　創新基金項目評審采取專家與企業“背靠背”的評審方式，競爭擇優的評審制度。專家由技術專家、行業管理專家、投資專家、財務專家、企業家等構成。創新基金管理中心專門建立了專家庫，嚴格遵循德、才兼備的專家選取原則，并對入庫專家實行動態管理和嚴格的業績考評制度。創新基金管理中心組織的立項審查過程規范，設有互相監督機制。
　　創新基金項目評審內容既包括對項目技術水平的審查，也包括對企業綜合能力的審查。評審專家按照企業發展能力、項目技術創新性、項目產品市場、商業模式、企業財務狀況和項目經濟評價等六個方面的評價指標，審閱企業的申報材料；重點項目還將審查項目產品的影響力。
　　七、創新基金本年度支持方向及重點
　　本年度創新基金將突出對初創期科技型中小企業在市場競爭前的技術創新行為的支持、對高端技術開發項目的支持，引領科技型中小企業技術創新活動的方向，鼓勵科技型中小企業在技術前沿領域展開競爭，推動科技型中小企業創新能力的提高。
　　創新基金要繼續堅持市場導向、支持創新、鼓勵創業、突出重點、規范管理、競爭擇優的原則，本年度支持方向仍是創新性強、技術含量高、市場前景好、具有自主知識產權的項目；“863”計劃、支撐計劃、重大科技專項相關成果的市場轉化項目，以及利用高新技術改造傳統產業的項目；人才密集、技術關聯性強、附加值高并已直接服務于產業發展的高技術服務業項目；為科技型中小企業創新活動服務的公共技術服務平臺建設；創業引導基金風險補助、投資保障項目，以及具有一定技術含量，在國際市場上有較強競爭力，以產品出口為導向的項目。
　　為適應科學發展觀的要求，促進國民經濟實現又好又快的發展，本年度創新基金將重點圍繞新能源開發、節能降耗、減少環境污染等主題，圍繞國家和地方經濟發展的重點需求，選擇對產業和行業有影響、帶動作用的關鍵技術、關鍵創新產品作為突破口，重點支持一批具有高成長性企業的快速發展。